Tumor-DNA Methylomanalyse

Dieses Verfahren erlaubt es, tumorspezifische DNA-Methylierungsprofile zu erstellen. Für deren Auswertung sind derzeit entsprechende machine-learning Algorithmen für Hirntumore (1), für Krebserkrankungen bei unbekanntem Primarius (cancer of unknown primary, CUP; (2)) sowie für Weichteiltumore/Sarkome  inklusive peripherer Nervenscheidentumore (unpublished) verfügbar. Desweiteren steht ein DNA Methylom-basierter Algorithmus für die prognostische Einschätzung von Meningeomen zur Verfügung (3).

Bei Hirntumoren erlaubt die Methylom-Analyse nicht nur die präzise molekulare Diagnose-Sicherung. Sie gestattet zusätzlich die Erfassung prognostischer (IDH1/2-Status) und prädiktiver Marker (Methylierungsstatus des Mgmt-Promoters). Über die Bestimmung genomweiter Veränderungen der DNA-Kopienanzahl (copy number variations) können u.a. die Diagnose molekular definierter Oligodendrogliome (LOH 1p/19q) wie auch therapeutisch relevante Genamplifikationen (z.B. EGFR) gesichert werden.

Voraussetzung sind 500ng DNA (aus Formalin fixiertem, paraffineingebettetem Gewebe, jedoch vorzugsweise aus Nativgewebe). Das Verfahren beruht auf der Hybridisierung Bisulfit-konvertierter DNA auf Illumina Infinium EPIC 850K Microarrays. Die ausgelesenen Datensätze werden im Falle von Hirntumoren und Sarkomen online auf Rechnern des Deutschen Krebsforschungszentrums (DKFZ, Heidelberg) analysiert; Datensätze von EPICUP-Fällen werden durch Algorithmen des Idibell (Barcelona) ausgewertet.

 

Referenzen

  1. Capper D, Jones DTW, Sill M et al. DNA Methylation-Based Classification of Central Nervous System Tumours. Nature 555: 469–74, 2018.
  2. Moran S, Martínez-Cardús A, Sayols S et al. Epigenetic profiling to classify cancer of unknown primary: a multicentre, retrospective analysis. Lancet Oncol 17: 1386–95, 2016.
  3. Sahm F, Schrimpf D, Stichel D et al. DNA methylation-based classification and grading system for meningioma: a multicentre, retrospective analysis. Lancet Oncol 18: 682–94, 2017.
 

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