Inhalt - Klinische Mikrobiologie

Klinische Mikrobiologie

Die Abteilung Klinische Mikrobiologie ist auf die Diagnostik von Infektionskrankheiten durch Bakterien, Pilze und ausgewählte Viren spezialisiert. Die Abteilung umfasst die Fachgebiete Bakteriologie, Mykobakteriologie, Mykologie, Virologie, molekulare Diagnostik, Infektionsserologie und spitalhygienische Untersuchungen.

Unser Untersuchungsspektrum wird auch von anderen Spitälern, Arztpraxen und weiteren diagnostischen Laboratorien genutzt. Pro Jahr werden rund 100'000 Untersuchungsmaterialien verarbeitet. Unser Labor arbeitet in enger Kollaboration mit der Klinik für Infektiologie und Spitalhygiene. Des Weiteren sind wir sehr aktiv an Lehre und Forschung der Universität und des Universitätsspitals Basel involviert.

  • Adresse

    Universitätsspital Basel
    Klinische Mikrobiologie
    Petersgraben 4
    CH-4031 Basel
    Tel. +41 61 265 42 20
    Fax +41 61 265 46 00

    Sekretariat: Birke Mebold

    Tel. +41 61 265 42 44

  • Öffnungszeiten

    Montag-Freitag: 8.00-18.00 h
    Samstag: 8.00-12.00 h
    Sonntag: 8.00-12.00 h

     

     

     

Formulare

Klinische Mikrobiologie (2)
Infektionsserologie (14)
Analyseverzeichnis

Leitung

Mitarbeitende

Dr. Annette Blaich
Fachverantwortliche Infektionsserologie
Tel.+41 61 328 62 13
annette.blaich@anti-clutterusb.ch

PD Dr. sc. nat. ETH Daniel Goldenberger
Fachverantwortlicher Molekulare Diagnostik
FAMH Medizinische Mikrobiologie
Tel.+41 61 328 62 11
daniel.goldenberger@anti-clutterusb.ch

Dr. Tim Roloff
Bioinformatiker
Tel.+41 61 328 56 30
tim.roloff@anti-clutterusb.ch

Dr. med. vet, PhD Vladimira Hinic
Fachverantwortliche Allg. Bakteriologie, Mykologie und Mykobakteriologie
Stv. Abteilungsleiterin
FAMH Medizinische Mikrobiologie
Tel.+41 61 265 42 46
vladimira.hinic@anti-clutterusb.ch

Birke Mebold
Sekretärin Klinische Mikrobiologie
Tel.+41 61 265 42 44
birke.mebold@anti-clutterusb.ch

Dr. Helena Seth-Smith
Bioinformatikerin
Tel.+41 61 328 54 66
helena.seth-smith@anti-clutterusb.ch

Wissenschaftliche Mitarbeitende (nicht akkreditierter Bereich)

Fachliche Schwerpunkte

  • Bakteriologie

    Aus verschiedensten Untersuchungsmaterialen (Blut, Urin, Stuhl, Abstriche, Sekrete, Punktate und Gewebe) werden mikroskopisch und in Kultur bakterielle Infektionserreger nachgewiesen. Zum raschen Nachweis von Bakterien und Pilzen im Blut steht ein automatisiertes Blutkultursystem (BacT/ALERT) und ein MALDI-TOF Massenspektrometer zu Verfügung. Um dem Arzt und der Ärztin eine gezielte Antibiotikatherapie zu ermöglichen und die Resistenzsituation zu überwachen, testen wir die Empfindlichkeit der isolierten Erreger routinemässig auf bis zu 28 Antibiotika. Auf Anforderung kann die minimale Hemmkonzentration (MHK) von 40 antimikrobiellen Substanzen bestimmt werden. Je nach Fragestellung bieten wir spezielle Kulturen auf folgende Erreger bzw. Erregergruppen a

    • Anaerobe Bakterien
    • Aeromonas, Plesiomonas
    • Campylobacter jejuni/coli
    • Clostridium difficile (inkl. Nachweis von Toxin A und B)
    • Corynebacterium diphtheriae
    • Legionellen
    • Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum
    • Neisseria gonorrhoeae
    • Streptococcus agalactiae (Gruppe-B-Streptokokken), selektive Anreicherung
    • Vibrio cholerae und andere Vibrio spp.
    • Yersinien

     

    Weitere Erreger können Sie dem Auftragsformular oder Analysenverzeichnis entnehmen.

  • Mykobakteriologie

    • Kulturnachweis von tuberkulösen und nichttuberkulösen Mykobakterien
    • Direkte Fluoreszenzmikroskopie mittels Auramin-Rhodamin-Färbung
    • Real-time PCR-Nachweis von Mycobacterium tuberculosis-Komplex
    • Schnell-PCR-Nachweis der Rifampicin Resistenz
    • Schneller Kulturnachweis mittels CO2-Messung in automatisiertem System
    • Schnellidentifikation von Kulturen mittels PCR und 17 Gensonden
    • Identifikation von Kulturen durch Sequenzierung des 16S rRNA-Gens
    • Resistenztestung auf INH, Rifampicin, Ethambutol, Pyrazinamid und Streptomycin

     

     

  • Mykologie

    Kulturnachweis von medizinisch relevant

    • Sprosspilzen (Hefen)
    • Schimmelpilzen
    • Dimorphen Pilzen (Histoplasma, Blastomyces und (Para-) Coccidioides)
    • Malassezia furfur
    • Quantitativer Antigennachweis von Cryptococcus neoformans aus Liquor, Serum und BAL
    • Resistenzprüfung von Hefen auf 8 antifungale Substanzen (MHK)

     

     

  • Virologie

    • Schnell-PCR Nachweis von Influenza Viren (A und B)
    • Schnell-PCR Nachweis von Respiratorischen Synzytial Viren (RSV A+B)
    • Schnell-PCR Nachweis von Noroviren

     

     

  • Molekulare Diagnostik

    Nachweis aus klinischen Proben mittels PCR

    • Chlamydia trachomatis (real-time)
    • Neisseria gonorrhoeae (real-time)
    • Mycoplasma genitalium (real-time)
    • Streptococcus pneumoniae (real-time)
    • Mycobacterium tuberculosis-Komplex (real-time)
    • Aspergillus spp. (real-time)
    • Mucorales spp. (real-time)
    • Chlamydia trachomatis Serovar L1-L3, insbesondere L2b (Erreger des Lymphogranulonum venereum) (real-time)

     

    Eubakterielle PCR (Teil des 16S rRNA Gens) und Sequenzierung inklusive RipSeq Analyse bei Mischsequenzen Panfungale PCR (ITS Region) und Sequenzierung Nachweis Corynebacterium diphtheriae-Toxin (Gen) (real-time) Nachweis von Virulenz- und Resistenzgenen ab Kultur mittels PCR bei Staphylokokken

    • Oxacillin-Resistenzgen (mecA/mecC-Gen)
    • Gen für toxisches Schocksyndrom-Toxin (TSST-1)
    • Gene für Enterotoxine A, B, C, D und E
    • Gene für Exfoliatine A und B
    • Gene für Panton-Valentine-Leukocidin (PVL)

    Carbapenemasen und ESBL Resistenzgene (isothermale Amplifikation) Bei Enterokokken

    • Vancomycin-Resistenzgene (vanA, vanB, vanC-1 und vanC-2/3)

    Identifikation ab Kultur

    • PCR und Sequenzierung Teil des 16S rRNA-Gens: alle Bakterienisolate
    • PCR und Sequenzierung ITS Region: alle Hefe- und Pilzisolate
    • PCR: Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, E. faecium, E. gallinarum und E. casseliflavus
    • Hybridisierung mit Gensonden: tuberkulöse und nichttuberkulöse Mykobakterien

    Gesamt Genomsequenzierung (whole genome sequencing) von Bakterien  

    • Typisierung von Isolaten
    • Genetische Bestimmung von Resistenzmechanismen und Virulenzfaktoren

  • Infektionsserologie

    In Zusammenarbeit mit der Abteilung Klinische Chemie bieten wir zur Zeit täglich folgende Antikörper- und Antigen-Nachweise a

    • Borrelien IgG- und IgM Antikörper (Screening aus Serum und Liquor, Bestätigung mittels Lineblot aus Serum)
    • Cytomegalievirus (CMV) IgG- und IgM-Antikörper, IgG-Avidität
    • Epstein-Barr Virus (EBV) EBNA-1 IgG, VCA IgG, VCA IgM
    • Hepatitis A-Antikörper gesamt und IgM
    • Hepatitis B Virus:

      • HBs-Antigen
      • HBs-Antikörper quantitativ
      • HBc-Antikörper gesamt und IgM
      • HBe-Antigen
      • HBe-Antikörper

    • Hepatitis C Virus:

      • Hepatitis C Antikörper

    • HIV-Screeningtest (p24 Antigen und HIV-Antikörper)
    • Herpes simplex Virus I + II (HSV) Antikörper gesamt und IgM
    • Rubella IgG- und IgM-Antikörper
    • Toxoplasmose IgG- und IgM-Antikörper, IgG Avidität
    • Treponema pallidum Antikörper (Syphilis Screening, TPPA, VDRL (RPR), Lineblot)
    • Varizella Zoster Virus (VZV) IgG- und IgM Antikörper

    Pneumokokken- und Legionella-pneumophila-Antigen (Serogruppe 1) aus Urin

     

     

     

  • Spitalhygienische Untersuchungen

    • Screening auf Staphylococcus aureus und MRSA
    • Screening auf Clostridium difficile
    • Screening auf ESBL- und Carbapenemase-produzierende Enterobacteriaceae
    • Auswertung von Luftkeimmessungen
    • Hygienische Kontrollen der Endoskopaufbereitung
    • Mikrobiologische Kontrollen von Autoklaven
    • Molekulare Typisierung von nosokomialen Erregern mittels Puls-Feld-Gel-Elektrophorese (PFGE) und PCR-basierenden Verfahren
    • Molekulare Typisierung von S. aureus mittels sequenzbasiertem spa-Typing
    • Whole Genome Sequencing für Typisierung von Ausbrüchen für MRSA, ESBL-produzierende E. coli, EBSL-produzierende Klebsiella pneumoniae, Carbapenemase-produzierende Enterobacteriacea, Burkholderia spp., Mycobacterium tuberculosis.

     

     

  • Antibiotikaresistenzen

    Auswertung in der Abteilung «Klinische Mikrobiologie» am Universitätsspital Basel durchgeführten Routineresistenzprüfungen:

    Resistenzstatistik 2018
    Resistenzstatistik 2017
    Resistenzstatistik 2016
    Resistenzstatistik 2015
    Resistenzstatistik 2014
    Resistenzstatistik 2013
    Resistenzstatistik 2012
    Resistenzstatistik 2011
    Resistenzstatistik 2010

  • Qualitätskontrolle

    Die Abteilung Klinische Mikrobiologie ist vom Bundesamt für Gesundheit (BAG) anerkannt. 

    Das Qualitätssicherungssystem der Abteilung Klinischen Mikrobiologie basiert auf der Norm ISO/IEC 17025 und wird geprüft durch die Schweizerische Akkreditierungsstelle (SAS). Wir nehmen an folgenden externen Qualitätskontrollen teil:

    UK NEQAS Quality Assurance Laboratory, London

    • Bakteriologie
    • Mykobakteriologie
    • Mykologie
    • Antibiotikaresistenzprüfung

    INSTAND e.V., Düsseldorf

    • Mykologie

    Nationales Zentrum für Mykobakterien, Zürich

    • Mykobakteriologie

    Quality Control for Molecular Diagnostics (QCMD), Glasgow, UK CSCQ Schweizerisches Zentrum für Qualitätskontrolle, Chêne-Bourg

    • Infektionsserologie

    BSD SRK Blutspendedienst SRK, Bern

    • Infektionsserologie

Molekulare Epidemiologie

Die Sequenzierung des gesamten bakteriellen oder viralen Genoms („whole genome sequencing“) erlaubt die hochauflösende Typisierung von Ausbrüchen in bisher nicht dagewesener Weise. Die Abteilung Klinische Mikrobiologie hat als erstes mikrobiologisches Labor der Schweiz diese Methodik 2016 in die Routinediagnostik innerhalb der ISO-Norm Akkreditierung (17025) eingeführt. Wir entwickeln hierfür stetig neue Methoden und erweitern unsere molekular-epidemiologische Datenbank mit zusätzlichen Pathogene. Insbesondere die Typisierung von nosokomialen und Public-Health relevanten Ausbrüchen ist ein Schwerpunkt der Abteilung. In diesem Kontext kann auf eine grosse bereits sequenzierte Datenbank zurückgegriffen werden, was eine Einordnung in einen breiten epidemiologischen Kontext erlaubt.

Neben routinemässigen Anwendungen wie die Typisierung stehen auch die Entwicklung und Forschung im Vordergrund: Bioinformatische Analysepipelines erlauben die rasche Detektion von Antibiotikaresistenzen und Virulenzfaktoren.

Weiterführende Artikel:
Generelles zur NGS Methode
MRSA Typisierung
Cornyebacterium diphtheriae 

Forschung, Entwicklung und Lehre

Schwerpunkte in Forschung und Entwicklung sind die Erfassung und der Nachweis von nosokomialen Infekterregern, Antibiotikaresistenzen, sowie Typisierung der Isolate. Mit der Klinik für Infektiologie und Spitalhygiene des Universitätsspitals Basel, der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich, dem Biozentrum der Universität Basel und weiteren Forschungsgruppen der Universität Basel besteht eine enge Zusammenarbeit.

Weitere Forschungsthemen sind der DNA-basierte Nachweis von nicht- oder schwerkultivierbaren Krankheitserregern (Bakterien und Pilze), die Diagnostik von Lymphogranuloma venereum (LGV) sowie die Identifikation und Charakterisierung von Gram-positiven Stäbchen isoliert aus klinischen Materialien. Des Weiteren ist die Typisierung von Bakterien, Viren und Pilzen mittels neuen Methoden wie Massenspektrometrie und Next Generation Sequencing ein wichtiger Forschungsschwerpunkt. Dabei kollaborieren wir mit Behörden, Spitälern und Forschungsgruppen aus dem In- und Ausland.

PD Dr. Egli ist Leiter der Forschungsgruppe «Applied Microbiology Research» am Departement Biomedizin mit Fokus auf Systembiologische Fragestellungen bei Infektionskrankheiten und Impfung.

Zur Untersuchung der Influenza Übertragung in der Stadt Basel koordiniert die Abteilung Klinische Mikrobiologie ein vom Schweizerischen Nationalfonds gesponsertes Projekt. Weitere Informationen finden Sie auf der Website Influenza Transmission.

 

Website Department Biomedizin
Website Research Group Applied Microbiology Research
Die aktuelle Publikationsliste der Abteilung Klinische Mikrobiologie

Aus-, Weiter- und Fortbildung

Die Abteilung veranstaltet regelmässige interne und externe Weiterbildungen am Universitätsspital Basel und an fachspezifischen Kongressen und Tagungen.

Ausbildung biomedizinische/r Analytiker HF (BMA)

Die Abteilung Klinische Mikrobiologie bildet zusammen mit der Labormedizin und dem Bildungszentrum Gesundheit Baselstadt (BZG) Studierende des Bildungsganges Biomedizinische Analytik aus.

Weiterbildung FAMH

Für die Weiterbildung zur SpezialistIn für medizinisch-mikrobiologische Analytik FAMH bieten wir jeweils einen Arbeitsplatz an. Auf der Website der FAMH finden Sie weitere Informationen zu diesem vielseitigen Studiengang.

Lehrtätigkeit

Der Laborleiter und dessen Stellvertreter sind Lehrbeauftragte für Bakteriologie an der medizinischen Fakultät der Universität Basel. Auf der Website der Medizinischen Fakultät finden Sie weitere Informationen.

Masterarbeit und Dissertation

Es besteht die Möglichkeit eine Masterarbeit oder eine Dissertation in unserer Abteilung zu machen. Bitte melden Sie sich bei Interesse bei Prof. A. Egli.

Wichtige Links

Schweizerische Gesellschaft für Mikrobiologie (SGM)
Schweizerische Gesellschaft für Infektiologie (SGInf)
Schweizerische Gesellschaft für Spitalhygiene (SGSH)
Bundesamt für Gesundheit, übertragbare Krankheiten
Sentinella, Grippe Überwachung
Anresis
Europäische Gesellschaft für klinische Mikrobiologie und Infektionskrankheiten (ESCMID)
FAMH
Universität Basel
Departement Biomedizin, Universität Basel
Biozentrum, Universität Basel
EMBO
Eidgenössische Technische Hochschule, D-BSSE
Applied Microbiology Research
Pubmed

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