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Inhalt - Klinische Mikrobiologie
Klinische Mikrobiologie
Die Abteilung Klinische Mikrobiologie ist auf die Diagnostik von Infektionskrankheiten durch Bakterien, Pilze und ausgewählte Viren spezialisiert. Die Abteilung umfasst die Fachgebiete Bakteriologie, Mykobakteriologie, Mykologie, Virologie, molekulare Diagnostik, Infektionsserologie und spitalhygienische Untersuchungen.
Unser Untersuchungsspektrum wird auch von anderen Spitälern, Arztpraxen und weiteren diagnostischen Laboratorien genutzt. Pro Jahr werden rund 100'000 Untersuchungsmaterialien verarbeitet. Unser Labor arbeitet in enger Kollaboration mit der Klinik für Infektiologie und Spitalhygiene. Des Weiteren sind wir sehr aktiv an Lehre und Forschung der Universität und des Universitätsspitals Basel involviert.
Leitung
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Prof. Dr. med. et Dr. phil. Adrian Egli
FAMH Medizinische Mikrobiologie
Tel.+41 61 556 57 49
adrian.egli@anti-clutterusb.ch
Detaillierte Informationen -
Judith Heckendorn
Leitende BMA
Tel.+41 61 328 62 15
judith.heckendorn@anti-clutterusb.ch
Mitarbeitende
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Dr. Annette Blaich |
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PD Dr. sc. nat. ETH Daniel Goldenberger |
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Dr. Daniel Wüthrich |
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Dr. med. vet, PhD Vladimira Hinic |
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Birke Mebold |
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Dr. Helena Seth-Smith |
Wissenschaftliche Mitarbeitende (nicht akkreditierter Bereich)
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Aline Cuénod
PhD-Studentin
Tel.+41 61 328 56 29
alinecharlotte.cuenod@anti-clutterusb.ch
Fachliche Schwerpunkte
Molekulare Epidemiologie
Die Sequenzierung des gesamten bakteriellen oder viralen Genoms („whole genome sequencing“) erlaubt die hochauflösende Typisierung von Ausbrüchen in bisher nicht dagewesener Weise. Die Abteilung Klinische Mikrobiologie hat als erstes mikrobiologisches Labor der Schweiz diese Methodik 2016 in die Routinediagnostik innerhalb der ISO-Norm Akkreditierung (17025) eingeführt. Wir entwickeln hierfür stetig neue Methoden und erweitern unsere molekular-epidemiologische Datenbank mit zusätzlichen Pathogene. Insbesondere die Typisierung von nosokomialen und Public-Health relevanten Ausbrüchen ist ein Schwerpunkt der Abteilung. In diesem Kontext kann auf eine grosse bereits sequenzierte Datenbank zurückgegriffen werden, was eine Einordnung in einen breiten epidemiologischen Kontext erlaubt.
Neben routinemässigen Anwendungen wie die Typisierung stehen auch die Entwicklung und Forschung im Vordergrund: Bioinformatische Analysepipelines erlauben die rasche Detektion von Antibiotikaresistenzen und Virulenzfaktoren.
Weiterführende Artikel:
Generelles zur NGS Methode
MRSA Typisierung
Cornyebacterium diphtheriae
Forschung, Entwicklung und Lehre
Schwerpunkte in Forschung und Entwicklung sind die Erfassung und der Nachweis von nosokomialen Infekterregern, Antibiotikaresistenzen, sowie Typisierung der Isolate. Mit der Klinik für Infektiologie und Spitalhygiene des Universitätsspitals Basel, der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich, dem Biozentrum der Universität Basel und weiteren Forschungsgruppen der Universität Basel besteht eine enge Zusammenarbeit.
Weitere Forschungsthemen sind der DNA-basierte Nachweis von nicht- oder schwerkultivierbaren Krankheitserregern (Bakterien und Pilze), die Diagnostik von Lymphogranuloma venereum (LGV) sowie die Identifikation und Charakterisierung von Gram-positiven Stäbchen isoliert aus klinischen Materialien. Des Weiteren ist die Typisierung von Bakterien, Viren und Pilzen mittels neuen Methoden wie Massenspektrometrie und Next Generation Sequencing ein wichtiger Forschungsschwerpunkt. Dabei kollaborieren wir mit Behörden, Spitälern und Forschungsgruppen aus dem In- und Ausland.
PD Dr. Egli ist Leiter der Forschungsgruppe «Applied Microbiology Research» am Departement Biomedizin mit Fokus auf Systembiologische Fragestellungen bei Infektionskrankheiten und Impfung.
Zur Untersuchung der Influenza Übertragung in der Stadt Basel koordiniert die Abteilung Klinische Mikrobiologie ein vom Schweizerischen Nationalfonds gesponsertes Projekt. Weitere Informationen finden Sie auf der Website Influenza Transmission.
Website Department Biomedizin
Website Research Group Applied Microbiology Research
Die aktuelle Publikationsliste der Abteilung Klinische Mikrobiologie
Aus-, Weiter- und Fortbildung
Die Abteilung veranstaltet regelmässige interne und externe Weiterbildungen am Universitätsspital Basel und an fachspezifischen Kongressen und Tagungen.
Ausbildung biomedizinische/r Analytiker HF (BMA)
Die Abteilung Klinische Mikrobiologie bildet zusammen mit der Labormedizin und dem Bildungszentrum Gesundheit Baselstadt (BZG) Studierende des Bildungsganges Biomedizinische Analytik aus.
Weiterbildung FAMH
Für die Weiterbildung zur SpezialistIn für medizinisch-mikrobiologische Analytik FAMH bieten wir jeweils einen Arbeitsplatz an. Auf der Website der FAMH finden Sie weitere Informationen zu diesem vielseitigen Studiengang.
Lehrtätigkeit
Der Laborleiter und dessen Stellvertreter sind Lehrbeauftragte für Bakteriologie an der medizinischen Fakultät der Universität Basel. Auf der Website der Medizinischen Fakultät finden Sie weitere Informationen.
Masterarbeit und Dissertation
Es besteht die Möglichkeit eine Masterarbeit oder eine Dissertation in unserer Abteilung zu machen. Bitte melden Sie sich bei Interesse bei Prof. A. Egli.
Wichtige Links
Schweizerische Gesellschaft für Mikrobiologie (SGM)
Schweizerische Gesellschaft für Infektiologie (SGInf)
Schweizerische Gesellschaft für Spitalhygiene (SGSH)
Bundesamt für Gesundheit, übertragbare Krankheiten
Sentinella, Grippe Überwachung
Anresis
Europäische Gesellschaft für klinische Mikrobiologie und Infektionskrankheiten (ESCMID)
FAMH
Universität Basel
Departement Biomedizin, Universität Basel
Biozentrum, Universität Basel
EMBO
Eidgenössische Technische Hochschule, D-BSSE
Applied Microbiology Research
Pubmed
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