Klinische Bakteriologie und Mykologie

Whole Genome Sequencing

Die Sequenzierung des gesamten bakteriellen, fungalen oder viralen Genoms („whole genome sequencing“) erlaubt die hochauflösende Typisierung von Ausbrüchen in bisher nicht dagewesener Weise. Der Fachbereich Klinische Bakteriologie und Mykologie hat als erstes mikrobiologisches Labor der Schweiz diese Methodik 2016 in die Routinediagnostik innerhalb der ISO-Norm Akkreditierung (17025) eingeführt. Wir entwickeln hierfür stetig neue Methoden und erweitern unsere molekular-epidemiologische Datenbank mit zusätzlichen Pathogenen. Insbesondere die Typisierung von nosokomialen und Public-Health relevanten Ausbrüchen ist ein Schwerpunkt der Abteilung. In diesem Kontext kann auf eine grosse bereits sequenzierte Datenbank zurückgegriffen werden, was eine Einordnung in einen breiten epidemiologischen Kontext erlaubt.

Neben Routineanwendungen wie die Typisierung stehen auch die Entwicklung und Forschung im Vordergrund: Bioinformatische Analysepipelines erlauben die rasche Detektion von Antibiotikaresistenzen und Virulenzfaktoren. Ebenso entwickeln wir metagenomische Anwendungen.

 

Fachverantwortlich Whole Genome Sequencing

 

Technische Leitung

 

Teamleitung