Offre

L'examen extemporané est disponible pour le diagnostic peropératoire. Les indications d'un examen extemporané sont les questions relatives à la valeur intrinsèque des lésions ou à l'exhaustivité de la résection. Entre l'arrivée de l'échantillon à l'institut et la communication des résultats, il s'écoule environ 15 minutes (par échantillon, cumulativement en cas de plusieurs échantillons).

Les échantillons doivent être envoyés natifs et secs (pas dans des solutions de fixation ou des solutions salines). Les résultats sont communiqués par téléphone par le pathologiste de la clinique qui a envoyé le prélèvement. C'est pourquoi il est indispensable de mentionner sur le formulaire d'envoi dûment rempli un numéro de téléphone servi et en état de marche, auquel la personne qui envoie le prélèvement peut être jointe au moment de l'examen extemporané.

Le service d'examen extemporané est disponible en continu pendant les heures d'ouverture de l'institut (du lundi au vendredi, de 7h45 à 17h15). Il est nécessaire de s'inscrire à l'avance au numéro de téléphone +41 61 265 28 56.

Pour les examens extemporanés qui sont nécessaires les soirs de semaine en dehors de ces horaires, il est impératif de prendre rendez-vous par téléphone pendant les heures d'ouverture de l'institut au +41 61 265 28 56.

L'institut assure le suivi télémédical de l'examen extemporané de l'Hôpital du Jura à Delémont. Des conditions informatiques spécifiques sont nécessaires à cet effet. Ce type d'examen extemporané doit être annoncé 24 heures à l'avance par e-mail(alexandar.tzankov@usb.ch ou thomas.menter@u sb.ch).

• Tableaux cliniques peu clairs
• Maladies chroniques entraînant un traitement prolongé et riche en effets secondaires
• Contrôles de la thérapie et de l'évolution
• Questions médico-légales (expertises)

• Âge et sexe
• Antécédents médicaux
• Traitements topiques ou systémiques antérieurs
• Description clinique (efflorescences et leur répartition)
• Localisation de la biopsie
• Technique de prélèvement
• Prélèvements de biopsie antérieurs
• Diagnostic différentiel

• Maladies inflammatoires cutanées peu claires à différents stades de développement, lésions polymorphes ou érythrodermie : biopsies multiples.
• Suspicion de panniculite, de vascularite ou de lymphome : longueur (au moins 2-3 cm) et profondeur suffisantes de la préparation.
• Lésions monomorphes à répartition disséminée : une biopsie représentative.
• Dermatites anulaires à croissance centrifuge, atrophies, ulcères et affections cutanées vésiculeuses : Biopsie incisionnelle à angle droit par rapport à la zone périphérique avec le centre et la périphérie de la lésion, en incluant la peau saine.
• Vascularite leucocytoclasique ou dermatoses bulleuses auto-immunes Immunofluorescence directe

Si une évaluation des marges de résection doit être effectuée sur des excisions de tumeurs ou des résections ultérieures, des repères de fils doivent être apposés. Noter la signification du marquage du fil sur le formulaire d'envoi (par ex. fil à 12 heures, fil au niveau du bord de résection éloigné de la tumeur). Pour les excisions plus complexes, un croquis est très utile.

Prof. Katharina Glatz
Médecin-chef en pathologie,
Membre du Tumor Centre
41 61 328 68 94
kathrin.glatz@usb.ch

Afin de permettre une lecture standardisée des biopsies de moelle osseuse, nous demandons aux collègues cliniciens qui nous adressent des informations sur les points suivants :

• diagnostic clinique (de suspicion),
• raison du prélèvement de la biopsie (par ex. staging d'un lymphome, clarification d'une leucocytose, pancytopénie, etc,)
• numération formule sanguine actuelle avec formule sanguine différentielle,
• Indications sur :
  • les néoplasies (hématologiques) connues, y compris les chimio/radiothérapies/immunothérapies effectuées,
  • autres maladies systémiques (par ex. processus granulomateux, maladies auto-immunes, maladies de stockage, etc,)
  • thérapies actuelles et/ou antérieures, notamment myélotoxiques/myélosuppressives (p. ex. azathioprine, arsenic, etc.), exposition à des facteurs de croissance hématopoïétiques (érythropoïétine, G-CSF, interféron, etc.)
  • antécédents de transplantation de cellules souches autologues/syngéniques ou allogéniques ou de transplantation d'organes,
  • maladies virales aiguës/chroniques (CMV, EBV, HBV, HCV, VIH, Parvo-B19, etc.) ou autres infections éventuelles,
  • présence d'organomégalies,
• autres résultats/informations pertinents (par ex. résultats de cytologie d'aspiration, analyses Flow/FACS, cytogénétique, etc,)
• si possible, des informations sur le statut en vitamine B12, en acide folique et en fer.

Les biopsies de la moelle osseuse doivent être envoyées dans une solution de formol tamponnée à 4% (peut être obtenue : formulaire de commande ou tél. +41 61 265 27 57).

Nous vous prions d'utiliser le formulaire d'envoi pour les biopsies de moelle osseuse.

Prof. Stefan Dirnhofer
Médecin-chef adjoint en pathologie
Membre du Tumor Centre
Tél.+41 61 328 67 89
stefan.dirnhofer@usb.ch

Prof. Alexandar Tzankov
Chef du département d'histopathologie et d'autopsie
Membre du Centre des tumeurs
Tél.+41 61 328 68 80
alexandar.tzankov@usb.ch

Les tumeurs solides de l'enfant se distinguent de celles de l'adulte tant sur le plan morphologique et génétique moléculaire que sur le plan thérapeutique et pronostique. Elles nécessitent donc, selon l'entité, un traitement spécial avec différents colorations et méthodes disponibles dans notre institut, y compris des examens de pathologie moléculaire comme l'hybridation in situ par fluorescence (FISH) et des analyses de mutation avec des panels spécialisés de séquençage de nouvelle génération (NGS).

Ilen résulte les recommandations suivantes pour nos expéditeurs : afin de permettre ces examens, les biopsies tumorales et les résections tumorales doivent être envoyées non fixées, fraîches, natives, sur glace à l'eau, par coursier après avoir été annoncées par téléphone. En étroite collaboration avec l'Hôpital pédiatrique universitaire des deux Bâle (UKBB), nous assurons la participation des patients aux études du Groupe suisse d'oncologie pédiatrique (SPOG) ainsi qu'aux consortiums d'études internationaux par l'envoi de matériel de prélèvement aux centres de référence correspondants. Christian Vokuhl) en concertation avec le service d'oncologie de l'UKBB.

L'évaluation histopathologique du placenta et des cervicales d'avortement peut apporter une contribution importante à la compréhension des pathologies infantiles et maternelles et également à la clarification de la cause du décès en cas de mort intra-utérine. Pour une évaluation adéquate, il est utile de disposer d'informations sur la semaine de grossesse, sur les résultats de l'enfant et de la mère ainsi que sur les éventuelles anomalies observées pendant la grossesse et le processus d'accouchement. Le tissu peut normalement être envoyé fixé en bonne et due forme, mais si le fœtus doit être évalué en plus du placenta, il doit être envoyé non fixé le plus rapidement possible après la naissance.

PD Dr. Thomas Menter
Médecin cadre en pathologie
41 61 328 68 97
thomas.menter@usb.ch

Le diagnostic d'une aganglionose dans la maladie de Hirschsprung est posé de manière fiable sur des coupes de congélation grâce à la représentation enzymo-histochimique de l'activité accrue de l'acétylcholinestérase des fibres nerveuses parasympathiques de la muscularis mucosae et de la lamina propria du rectum ainsi qu'à l'absence de mise en évidence de ganglions.

Dans le segment proximal, situé en amont du segment aganglionnaire, on trouve typiquement une hypoganglionose dont l'étendue devrait être reconnue afin de réaliser la résection dans un segment intestinal fonctionnellement intact. La réaction enzymo-histochimique pour la lactate déshydrogénase (également réalisable en peropératoire sur l'incision rapide) est en mesure d'effectuer une telle délimitation.

L'étroite coopération avec l'équipe IntestTeam de l'Hôpital pédiatrique universitaire des deux Bâle (UKBB), qui s'occupe des troubles de la motilité intestinale chez les enfants et les adolescents, permet une prise en charge interdisciplinaire des patientes et des patients.

Indications pour l'envoi de tissus en vue d'un examen concernant la maladie de Hirschsprung : Envoi de matériel Hirschsprung

Indications pour l'envoi de matériel de coupe et de paraffine en vue d'une évaluation pathologique consultative : Evaluation pathologique consultative

1. frottis gynécologique

Frottis gynécologiques à base de liquide (méthode ThinPrep®) :

• Avec la méthode ThinPrep®, le gel lubrifiant peut entraîner un agglutinement des cellules et limiter l'évaluation des préparations. Si nécessaire, il est toutefois possible d'utiliser un peu de gel lubrifiant hydrosoluble sans carbomère (par exemple Gyn-Lys ou le gel lubrifiant K-Y medical Steril).
• Bien rincer la brosse et/ou la spatule de prélèvement dans la solution PreservCyt® et tourner le long de la paroi ou du fond du récipient pour bien détacher les cellules.
• Jeter ensuite la brosse ou la spatule (ne pas la laisser dans la solution).
• Envoyer le récipient.
  

Frottis gynécologiques conventionnels (classiques) :

• Utiliser des lames avec un embout mat et inscrire au crayon le nom, le prénom ainsi que la date de naissance de la patiente.
• En déroulant la brosse ou en balayant la spatule, étaler le matériel cellulaire rapidement (en 2-3 secondes), en couche fine et régulière d'un seul mouvement (pas de lame de coton).
• et fixer immédiatement : vaporiser avec un spray de fixation jusqu'à ce que la préparation soit entièrement recouverte d'un film liquide. Laisser sécher les frottis 10-20 min avant l'expédition.
• Expédition dans des tubes d'expédition.
  
  

2. typage de l'HPV

Indications typiques :

• Résultats cytologiques incertains (ASC-US, ASC-H et AGC) chez les patientes ≥ 30 ans.
• Dysplasie légère (Bethesda low grade SIL) chez les patientes ≥ 30 ans.
• Dépistage primaire de l'HPV

Prélèvement de matériel pour la recherche d'HPV :

• Cytologie en phase liquide : détermination de l'HPV sur le liquide résiduel ("test HPV réflexe"). Le matériel résiduel de la cytologie liquide est disponible pendant 4 semaines pour un dépistage ultérieur de l'HPV.
• Frottis conventionnels : Kit de test (Digene Specimen Collection Kit, QIAGEN) avec instrument de prélèvement (mis à disposition par nos soins). Prélèvement de matériel à l'occasion d'un examen de contrôle.

3. aspirations de l'endomètre

Prélèvement de matériel :

• Aspiration de la cavité utérine à l'aide d'une pipette à ballonnet.
• Récupération de l'aspiration dans le milieu liquide AMIMED®.

Remarques importantes

Préparer tous les ustensiles avant la ponction à l'aiguille fine (FNP).

Contrôler le fonctionnement du spray de fixation avant la ponction. N'utiliser que des lames sur lesquelles on peut écrire (nom, prénom et date de naissance au crayon. Pas de feutre, pas d'étiquettes). Écrire avant d'étaler le matériel cellulaire.

En cas de suspicion de lymphome (ganglion FNP), faire un prélèvement supplémentaire pour l'analyse FACS en hématologie.

Fixation

• Fixer les frottis immédiatement après la ponction (dans les secondes qui suivent !).
• Fixation par spray : vaporiser du spray à une distance d'environ 10-20 cm jusqu'à ce que la préparation soit entièrement recouverte d'un film liquide. Laisser sécher les frottis 10-20 min avant de les envoyer.
  ou
• Fixation humide au moyen d'une solution de Delaunay (peut être commandée au laboratoire de cytopathologie, tél. +41 61 556 53 66).

Expédition

• Fixation par spray : Manchons d'expédition
• Fixé par voie humide (solution Delaunay) : Récipient d'expédition avec bouchon à vis
• Rincer la seringue FNP après l'avoir étalée avec du NaCl 0,9% ou du milieu cellulaire et l'expédier avec le liquide de rinçage.
• En cas de suspicion de lymphome, envoyer le prélèvement séparé directement au laboratoire d'hématologie.

Technique de la ponction à l'aiguille fine (FNP)

Série de vidéos en ligne avec une discussion détaillée sur la technique de la PFN :

Fine Needle Aspirate

Techniques FNA

Indications

• Différenciation cellulaire avec détermination du rapport CD4/CD8 ("lavage immunitaire") en cas de suspicion de maladie pulmonaire inflammatoire ou interstitielle
  • Détermination des sous-populations de lymphocytes (CD4, CD8, CD3 et CD19) par FACS
• Bilan infectieux ("lavage infectieux")
  • Mise en évidence de l'agent pathogène par des examens spéciaux (immunofluorescence, colorations spéciales) : Pneumocystis jirovecii (PCP), CMV, RSV, Legionella pneumophila, mycobactéries, champignons.

Inscription

• En cas de nécessité d'un examen urgent le jour même : veuillez annoncer le LBA au laboratoire (tél. +41 61 556 53 66) au plus tard juste avant le début de l'intervention et indiquer la problématique (différenciation cellulaire/recherche d'infection/malignité).
• Clarification urgente de l'infection au moyen d'examens spéciaux : Résultats le jour même, à condition que le LBA parvienne au laboratoire de cytopathologie au plus tard à 14h00.

Conservation

• Pas d'agents de conservation. Transport sur de l'eau glacée (eau/glace à parts égales). Ne pas placer le récipient dans de la glace pure.

Expédition

• Dans un récipient en plastique gradué avec transport direct interne à l'hôpital (STA jusqu'à 17h, ensuite en accord avec le laboratoire de cytopathologie) : En cas de transport par la poste ou le train (service express ou courrier), dans un récipient en plastique pouvant être fermé de manière étanche.

Crachats

Indications

• En cas de suspicion de tumeur, prélèvement d'expectorations à jeun sur trois jours consécutifs (expectorations I-III).

Procédure

• Se brosser les dents avant de déposer l'expectoration.
• Porteurs de dentiers : retirer le dentier, bien se rincer la bouche.
• Inspirer profondément et expectorer les mucosités profondément incrustées.
• En l'absence d'expectoration, faire inhaler une solution saline à 3% et taper sur le dos au-dessus du poumon malade, ce qui fait vibrer les sécrétions bronchiques visqueuses et déclenche la toux.
• Cracher le mucus expectoré directement dans un récipient prévu pour l'envoi de crachats ou dans un gobelet à crachats.

Conservation

• Si la durée de transport est inférieure à 1 jour : pas d'ajout.

Envoi

• Envoyer chaque échantillon d'expectoration immédiatement et séparément. Pas d'expectorations collectives.
• Envoi dans des récipients en plastique bien fermés et à large ouverture.

Pour tous les liquides séreux (épanchement pleural et péricardique, ascite, aspiration de la chambre de Douglas, lavage péritonéal) :

• Pas d'ajout d'agent de conservation. Les liquides séreux stériles sont des
• de bons milieux pour les cellules. Conservation des cellules à température ambiante pendant environ 24 heures, au réfrigérateur à 4 °C pendant le week-end.
• Envoyer toute la quantité de liquide (pour les grandes quantités, au moins 1 litre, de préférence tout)

Urines spontanées

Procédure

• Le matin de l'examen, commencer par vider la vessie.
• Boire ensuite plusieurs verres de liquide
• Faire de l'exercice avant la 2e vidange de la vessie (gymnastique, monter les escaliers, marche)
• Vider complètement la vessie dans le récipient prévu à cet effet.
• Femmes : Tamponner les lèvres avec un linge humide avant la miction (éviter la présence de squames génitales dans l'urine).
  
  

Conservation

• Mélanger immédiatement l'échantillon d'urine avec de l'alcool à 50 % dans un rapport 1:1 (pour la conservation et la suppression de la croissance bactérienne).
  
  

Envoi

• Envoyer l'échantillon immédiatement afin qu'il puisse être traité si possible le jour même ou le lendemain.
  
  

Urine de cathéter

Comme l'urine spontanée, mélanger immédiatement avec de l'alcool à 50 % dans un rapport 1:1.

Important : indiquer sur le formulaire d'envoi s'il s'agit d'urine spontanée ou d'urine de cathéter.

Liquide de rinçage de la vessie

Conservation

• Mélanger immédiatement le liquide avec de l'alcool à 50 % dans un rapport de 1:1 (comme pour l'urine).
  
  

UroVysion™ FISH

Examen des urothéliums à la recherche d'aberrations chromosomiques. Nous vous proposons cet examen en fonction des résultats cytologiques pour un examen plus approfondi. Il est effectué sur la préparation cytologique déjà réalisée et ne nécessite pas l'envoi séparé de matériel supplémentaire.

Indications principales :

• Atypies cytologiques peu claires (par ex. voies urinaires supérieures, après BCG ou dans le cadre du suivi).
• Discordance entre la cytologie et la cystoscopie

• Si le LCR doit être analysé uniquement pour les cellules tumorales, veuillez l'envoyer directement au laboratoire de cytopathologie du service de pathologie.
• Dans tous les autres cas, envoyer le LCR au service de médecine de laboratoire de l'Hôpital universitaire de Bâle, où le nombre de cellules, les protéines, le glucose, etc. sont déterminés. De là, des préparations cytocentrifuges sont envoyées au laboratoire de cytopathologie pour la différenciation des cellules.
• Le liquide céphalo-rachidien est un liquide pauvre en substances nutritives. Les cellules se détériorent donc rapidement. De plus, l'adhésion des cellules aux parois du vaisseau d'envoi entraîne une perte de cellules. Il en résulte que :
• Le liquide céphalorachidien doit être traité dans les deux heures et apporté immédiatement au laboratoire.

Conservation

• Uniquement du LCR natif sans additif de conservation

Envoi

• Envoyer une quantité pas trop petite (si possible ≥ 2 ml).
• Envoi dans un tube en plastique (adhésion des cellules plus faible que dans les tubes en verre)

Une large gamme d'anticorps est disponible pour les analyses immunocytochimiques des maladies néoplasiques et non néoplasiques (pour le typage des tumeurs, les analyses de marqueurs pronostiques et prédictifs et le diagnostic d'agents pathogènes). L'immunocytochimie est réalisée directement sur les préparations cytologiques diagnostiques ou sur des blocs de cellules.

Il s'agit d'une méthode qui peut être utilisée aussi bien pour le matériel non fixé que pour le matériel fixé. On peut utiliser à cet effet des préparations en coupe/en bloc ou des préparations cytologiques (même déjà colorées). Le principe repose sur l'hybridation de sondes génétiques sur les segments de gènes à examiner du matériel d'analyse. Ces sondes génétiques sont couplées à des colorants fluorescents qui peuvent être visualisés sous un microscope à fluorescence spécial.

Dans notre offre d'analyses, nous disposons d'une série de sondes différentes qui sont notamment utilisées pour le diagnostic des cancers du poumon, des sarcomes et des lymphomes. Il est également possible de détecter des aberrations génétiques numériques (amplifications et délétions) ainsi que des translocations.

Cette méthode est également adaptée à la clarification de modifications peu claires en cytologie (par ex. Urovision® en cas de modifications de l'appareil urinaire.

Pour l'envoi, veuillez utiliser les formulaires suivants :

• Pathologie moléculaire FISF allemand
• Pathologie moléculaire FISF Francais

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet d'obtenir en une seule analyse une vue d'ensemble de nombreuses altérations génétiques cliniquement pertinentes (p. ex. mutations ponctuelles, délétions, insertions, ainsi que modifications du nombre de copies) dans le tissu tumoral. La méthode permet de séquencer simultanément de nombreuses séquences d'ADN différentes et d'obtenir ainsi des informations sur de nombreux gènes importants sur le plan thérapeutique en une seule fois.

Pour ce faire, on utilise des kits disponibles dans le commerce des sociétés Thermo Fisher et ArcherDx, ainsi que des panels développés en interne.

Les analyses basées sur l'ADN sont effectuées entre autres avec les panels suivants :

• Oncomine™ Precision Assay GX (surtout tumeurs du poumon, du côlon, du sein, GIST), 46 gènes avec 14 variations du nombre de copies.
• CE-IVD Oncomine™Solid Panel (surtout tumeurs du poumon et du côlon ; 22 gènes)
• Oncomine™ Comprehensive Assay v3 (spectre de gènes élargi pour toutes les tumeurs, 135 gènes, 47 variations du nombre de copies)
• Oncomine™ Comprehensive Assay Plus (y compris TMB) (spectre génétique étendu pour toutes les tumeurs, y compris charge mutationnelle tumorale, 498 gènes avec 333 variations du nombre de copies)
• Oncomine™ Childhood Panel (surtout tumeurs infantiles, y compris DICER1 et MYOD1), 136 gènes avec 28 variations du nombre de copies
• Panel HRR-BRCAness-Prostate (surtout tumeurs de l'ovaire, de la prostate, du sein et du pancréas) avec BRCA1/2, RAD51B, ATM, CDK12 et autres gènes, 55 gènes
• Lymphome Panel (mutations fréquentes dans 68 gènes de lymphomes au total)
• Panel mélanome (mutations fréquentes du mélanome) avec BRAF, NRAS, KIT, TERT, NF1, GNAQ, GNA11, BAP1 et autres gènes, 33 gènes
  

En outre, nous proposons également des analyses basées sur l'ARN qui permettent de détecter les fusions de gènes de ALK, ROS1, RET, NTRK1/2/3 et FGFR2/3 par exemple. Il s'agit notamment de :

• Archer™ FusionPlex™ (fusions de 137 gènes).
• Oncomine™ Comprehensive Assay v3 RNA (fusions de 51 gènes)
• Oncomine™ Precision Assay GX (fusions de 18 gènes)
• Oncomine™ Focus Assay RNA (fusions de 23 gènes)
• Oncomine™ Panel ARN de l'enfance (fusions de 91 gènes)

De même, nous proposons la détermination de la charge mutationnelle tumorale (TMB). Cette procédure utilise le NGS pour déterminer le nombre de mutations par million de paires de bases. La détermination du TMB peut aider à identifier les patients qui sont plus susceptibles de bénéficier d'une immunothérapie.

Les méthodes NGS sont en principe applicables aussi bien aux préparations histologiques qu'aux préparations cytologiques. Au moyen de la microdissection par capture laser, nous pouvons augmenter la teneur en cellules tumorales, ce qui permet d'obtenir des résultats exploitables même en présence de peu de cellules tumorales ou d'une faible teneur en cellules tumorales.

Vous trouverez ici une liste détaillée des gènes et des exons analysables ainsi que d'autres informations sur le NGS :

• Pathologie moléculaire NGS allemand
• Pathologie moléculaire NGS Francais
• Gènes et exons des panels NGS proposés

Sous le nom de liquid biopsy, nous proposons l'analyse de l'ADN acellulaire (cfDNA) dans le sang périphérique et le liquide céphalorachidien. Cet ADN fragmenté provenant de nombreux tissus de l'organisme contient également, chez les patients atteints de tumeurs, de l'ADN tumoral circulant (ADNtc). Des méthodes sensibles permettent entre autres de rechercher des mutations importantes pour le traitement, notamment celles qui sont responsables de la résistance aux médicaments. Une autre application courante est la quantification de l'ADNc à l'aide de mutations spécifiques aux tumeurs déjà connues, qui ont été déterminées auparavant dans des biopsies conventionnelles. Lors des mesures d'évolution, une augmentation de l'ADNc dans le sang périphérique indique généralement une progression de la tumeur.

L'analyse est généralement réalisée à l'aide d'une méthode NGS en utilisant différents panels tels que Oncomine™ Lung cfTNA, Oncomine™ Colon cfDNA Assay, Oncomine™ Breast cfDNA Assay ou Oncomine™ PanCancer cfTNA Assay. Ces panels peuvent être réalisés de manière générale pour différentes malignités, ou de manière spécifique pour les malignités du poumon, du côlon et du sein.

Comme l'ADNct doit absolument être protégé de la dilution par l'ADN leucocytaire, qui est libéré par la décomposition des cellules lors de la conservation des échantillons de sang, il faut utiliser à cet effet des récipients sous vide préparés avec un conservateur (par exemple des Streck tubes). Dans ces récipients, un échantillon de sang ou de liquide céphalorachidien peut être conservé et envoyé à température ambiante pendant environ 4 jours. Pour un examen, 20 ml de sang sont nécessaires, si possible 2 ml de liquide céphalo-rachidien devraient être envoyés. Les tubes correspondants peuvent être commandés chez nous sur demande (tél. : +41 61 265 27 57).

La question clinique et les informations les plus détaillées possibles sur la tumeur confirmée ou suspectée sont essentielles pour obtenir un maximum d'informations cliniquement utilisables à partir de l'échantillon. Ces informations doivent être communiquées sur le formulaire d'envoi.

Vous trouverez ici le formulaire d'envoi correspondant ainsi qu'une liste détaillée des gènes et exons analysables :

• Pathologie moléculaire Liquid biopsy Français
• Pathologie moléculaire Liquid biopsy Francais

Nous proposons des analyses de méthylation de l'ADN à l'échelle du génome, basées sur des puces, pour le diagnostic de précision des tumeurs (1,2). Ces analyses sont disponibles pour les tumeurs du cerveau et des parties molles, les tumeurs des gaines nerveuses périphériques et, en particulier, le syndrome CUP (cancer de primauté inconnue) (1,3). Pour le diagnostic du CUP, les données sont comparées aux profils de méthylation de l'ADN de plus de 18 000 tumeurs grâce au système EpiDiP (4) développé en interne, ce qui permet dans la plupart des cas de les attribuer à un primordium ou à un tissu d'origine.

Outreles profils de méthylation de l'ADN spécifiques à l'entité tumoralel'analyse par microréseau fournit une multitude d'autres informations importantes :

• Profils du nombre de copies, entre autres LOH 1p/19q pour les gliomes, amplification du gène MDM2 pour les tumeurs du tissu adipeux.
• Informations pronostiques, par ex. délétions CDKN2a/b dans les gliomes à IDH mutée, gradation moléculaire des méningiomes (5), méthylation du promoteur MLH1.
• Marqueurs prédictifs, par ex. méthylation du promoteur MGMT, amplifications des gènes EGFR et HER2
  

Condition préalable à l'analyse : 500 ng d'ADN (de préférence à partir de tissu natif, mais FFPE également possible).

Nous proposons en outre un test moléculaire rapide basé sur le séquençage des nanopores (6,7), qui permet en quelques heures une classification fiable des méthylomes au moyen des algorithmes NanoDx (7,8) et NanoDiP (9). Cette analyse est exclusivement réservée aux préparations natives et aux préparations conservées au moyen de ^SurePath® ou ^ThinPrep® (y compris les épanchements malins). La conservation d'échantillons de tissus natifs dans ^SurePath® ou ^ThinPrep® permet des envois externes à température ambiante. Après le test rapide, les résultats sont vérifiés à l'aide d'un microarray à haute résolution (durée : environ 2 semaines). Pour les envois, veuillez utiliser les formulaires suivants :

• Pathologie moléculaire NGS allemand
• Pathologie moléculaire NGS Francais

Références

1 Capper D, Jones DTW, Sill M, Hovestadt V, Schrimpf D, Sturm D, et al. DNA methylation-based classification of central nervous system tumours. Nature. 2018 Mar 14;555(7697):469-74.

2-Hench J, Bihl M, Bratic Hench I, Hoffmann P, Tolnay M, Bösch Al Jadooa N, et al. Satisfying your neuro-oncologist : a fast approach to routine molecular glioma diagnostics. Neuro-Oncol. 2018 Nov 12;20(12):1682-

3 Koelsche C, Schrimpf D, Stichel D, Sill M, Sahm F, Reuss DE, et al. Sarcoma classification by DNA methylation profiling. Nat Commun. 2021 Dec;12(1):498.

4.Hench J, Frank S. EpiDiP Server [Internet]. 2020. Disponible à partir de : http://www.epidip.org

5.Maas SLN, Stichel D, Hielscher T, Sievers P, Berghoff AS, Schrimpf D, et al. Integrated Molecular-Morphologic Meningioma Classification : A Multicenter Retrospective Analysis, Retrospectively and Prospectively Validated. J Clin Oncol. 2021 Dec 1;39(34):3839-52.

6 Euskirchen P, Bielle F, Labreche K, Kloosterman WP, Rosenberg S, Daniau M, et al. Same-day genomic and epigenomic diagnosis of brain tumors using real-time nanopore sequencing. Acta Neuropathol (Berl). 2017;134(5):691-703.

7.Kuschel LP, Hench J, Frank S, Hench IB, Girard E, Blanluet M, et al. Robust methylation-based classification of brain tumors using nanopore sequencing [Internet]. Oncology ; 2021 Mar [cited 2021 Apr 1]. Available from: http://medrxiv.org/lookup/doi/10.1101/2021.03.06.21252627

8.Djirackor L, Halldorsson S, Niehusmann P, Leske H, Capper D, Kuschel LP, et al. Intraoperative DNA methylation classification of brain tumors impacts neurosurgical strategy. Neuro-Oncol Adv. 2021 Oct 10;vdab149.

9.Hench J, Hultschig C. NanoDiP - Nanopore Digital Pathology [Internet]. NanoDiP - Nanopore Digital Pathology. 2021 [cited 2021 Nov 26]. Disponible à partir de : https://github.com/neuropathbasel/nanodip

Contact

Prof. Stephan Frank
Chef du département de neuro- et ophtalmopathologie, membre du Centre des tumeurs
41 61 328 63 90
stephan.frank@usb.ch

Dr. Jürgen Hench
Chef de clinique en neuropathologie et pathologie moléculaire, membre du Centre des tumeurs
Tél.+41 61 328 68 91
juergen.hench@usb.ch

Séquençage Sanger

Le séquençage Sanger après amplification de l'ADN par PCR sert à rechercher des mutations à l'intérieur de segments de génome définis. L'évaluation des produits de la réaction de Sanger se fait par électrophorèse capillaire, une amélioration de l'électrophorèse en gel de polyacrylamide utilisée initialement par Sanger. Ce procédé a permis et marqué de son empreinte le séquençage de génomes entiers, avant d'être largement remplacé par le séquençage parallèle (également appelé next generation sequencing, NGS). Néanmoins, la technique de Sanger reste aujourd'hui encore le standard de référence du séquençage génétique, à l'aide duquel les nouvelles technologies sont validées. Le séquençage Sanger est encore utilisé chez nous principalement comme méthode économique de détermination des mutations dans des domaines génétiques individuels.

Analyse de la longueur des fragments par électrophorèse capillaire

Cette méthode se base, comme le séquençage Sanger, sur la séparation par électrophorèse capillaire de produits PCR générés de manière ciblée à partir de l'ADN de l'échantillon et sur la détermination de leur longueur. Selon l'approche PCR, cette technique peut être utilisée pour l'analyse de clonalité dans les maladies lymphoprolifératives ou pour déterminer l'instabilité des microsatellites dans les carcinomes.

PCR numérique en gouttelettes

Dans le cas de la droplet digital PCR (ddPCR), l'échantillon d'ADN est divisé en de nombreuses gouttelettes(jusqu'à 20'000 par approche réactionnelle) dans une émulsion d'eau et d'huile. Une PCR spécifique à la mutation est ensuite réalisée dans chacune de ces gouttelettes individuelles à l'aide de sondes TaqMan couplées à la fluorescence. Toutes les gouttes sont ensuite analysées pour déterminer la présence d'une mutation, celles dans lesquelles une amplification spécifique à la mutation a eu lieu devenant fluorescentes. L'analyse se fait à l'aide d'un cytomètre de flux à fluorescence modifié. En règle générale, deux colorants sont utilisés pour distinguer l'allèle muté de l'allèle sauvage. Le rapport entre les deux signaux colorés correspond à la fréquence allélique de la mutation (nombre d'allèles mutés par rapport au nombre total d'allèles dans le tissu tumoral). Pour la recherche de modifications d'un seul gène, la ddPCR est une méthode très robuste, car contrairement à la méthode Sanger, la fréquence des allèles est toujours déterminée, ce qui facilite l'interprétation des résultats. En raison des résultats quantitatifs, la ddPCR peut également être utilisée pour déterminer l'amplification des gènes, les délétions et la méthylation de l'ADN.

Génotypage du papillomavirus humain (HPV)

Un génotypage est nécessaire pour déterminer s'il existe une infection à HPV et si celle-ci s'accompagne d'un risque accru de progression ou de développement d'un carcinome. Pour ce faire, on utilise une méthode PCR quantitative qui permet non seulement de faire la distinction entre les génotypes HPV à haut risque et à faible risque, mais aussi, dans la plupart des cas, de déterminer les types d'HPV exacts impliqués (même en cas d'infections multiples). La méthode peut être utilisée pour toutes les procédures cytologiques, mais aussi pour les tissus fixés au formol ou inclus en paraffine et les tissus natifs. Cette analyse est réalisée en collaboration avec le service de virologie clinique de la médecine de laboratoire de l'Hôpital universitaire de Bâle.

Vous trouverez ici le formulaire d'envoi correspondant :

• Pathologie moléculaire NGS allemand
• Pathologie moléculaire NGS Francais

Biopsie musculaire

Afin de garantir un traitement histologique approprié du matériel d'examen natif, une annonce préalable est nécessaire, soit par e-mail, soit par téléphone au +41 61 328 78 74. Dans la mesure du possible, cette annonce préalable doit être effectuée au moins 24 heures avant le prélèvement de la biopsie.


Envoyer le fragment de tissu musculaire (taille env. 1x1x1 cm) natif (non fixé, sans milieu) dans un récipient fermé (p. ex. thermos, boîte en polystyrène) sur glace par taxi, coursier, etc. Cave : ne pas mettre les tissus en contact direct avec la glace. Ne pas utiliser de glace carbonique ou d'accumulateurs de froid congelés !


Si le transport par taxi ou par coursier n'est pas possible, veuillez envoyer le biopsat par courrier express (livraison le jour même, planifier le prélèvement de la biopsie en conséquence) à :

Pathologie
Hôpital universitaire de Bâle
Schönbeinstrasse 40
4031 Bâle

A l'intérieur de l'Hôpital universitaire de Bâle : Rohrpost 2856. En cas d'envoi, veuillez téléphoner au 87874.

En général

• Veuillez toujours indiquer le lieu de prélèvement du muscle.
• Rapport médical accompagnant le biopsat, avec indication aussi détaillée que possible des symptômes cliniques et des questions posées. Mention de la personne de contact du médecin.
• Le muscle biopsié doit être affecté par les symptômes de la maladie décrits, mais il ne doit pas s'agir, si possible, d'un muscle nettement parétique/plégique ou transformé.
• Les aiguilles EMG provoquent des artefacts considérables. C'est pourquoi il ne faut pas faire de biopsie musculaire dans les zones où les aiguilles EMG ont été enfoncées.
  

Formulaire d'informations cliniques sur les biopsies musculaires/nerveuses

Biopsie nerveuse

Annonce préalable de la biopsie nerveuse soit par e-mail, soit par téléphone +41 61 328 78 74. Dans la mesure du possible, l'annonce préalable doit être effectuée au moins 24 heures avant le prélèvement de la biopsie.

Morceau de nerf d'au moins 2 cm de long, idéalement de 4 cm (chez les enfants, si possible pas moins de 1 cm).

Au sein de l'Hôpital universitaire de Bâle : envoi à l'état natif par pneumatique 2856. En cas d'envoi, veuillez téléphoner au 87874.

Autres expéditeurs : soit fixé dans du formol tamponné à 4% (courrier régulier), soit natif réfrigéré par coursier (voir biopsie musculaire).

Formulaire d'informations cliniques sur les biopsies musculaires/nerveuses

Inscription/administration/commande : Tél. +41 61 328 78 74

Contact

Prof. Stephan Frank
Chef du département de neuro- et ophtalmopathologie, membre du Centre des tumeurs
41 61 328 63 90
stephan.frank@usb.ch

Dr. Jürgen Hench
Chef de clinique en neuro-pathologie et pathologie moléculaire, membre du Tumor Center Tél.+41 61 328 68 91
juergen.hench@usb.ch