Forschung

Our research in the field of clinical infectious diseases focuses on epidemiological and clinical aspects of S. aureus infections and on S. aureus colonisation. In response to clinical problems encountered during the consultation service, other studies aim atimproving the clinical management of patients with specific conditions (e.g. screening for tuberculosis, amebic abscess, infections with rare pathogens). Furthermore, we are currently expanding our antibiotic stewardship program.

Staphylococcus aureus

• Retrospective study on clinical and microbiological aspects of S. aureus infections at the University Hospital in Basel.
• Epidemiology and risk factors for S. aureus and MRSA colonisation in populations at risk (e.g. intravenous drug users, rheumatoid arthritis patients).

Specific clinical problems related to clinical work

• Screening for tuberculosis and management of refugees with pulmonary infiltrates.
• Diagnosis of amebic liver abscesses.
• Value of procalcitonin as diagnostic parameter for infections after neurosurgery.
• Plasma brain natriuretic peptide in severe sepsis and septic shock.

Antibiotic stewardship

• Empiric antibiotic therapy of patients admitted through the emergency department.
• Participation in the ARPAC study (Antibiotic Resistance Prevention and Control): European study with the aim to identify antibiotic policies, prescription patterns and infection control policies associated with lower rates of antibiotic resistant pathogens at the individual hospital level. 

Research of Hospital Epidemiology focusses on the mechanisms of transmission of Clostridium difficile and gram-negative bacteria with broad spectrum beta-lactamase (ESBL). The monitoring of surgical site infections is another important focus, in particular research on foreign body infections. New hospital epidemiology interventions have been established here at the University Hospital Basel in close collaboration with the Division of Clinical Microbiology. We have successfully introduced new typing methods facilitating the investigation of transmission pathways. For C. difficile we are the Swiss Laboratory of Reference.

Fungal infections

• "Funginos": network of infectious disease specialists of 7 University hospitals and 10 University affiliated hospitals in Switzerland, which are interested in the epidemiology and management of fungal infections.
• Invasive aspergillosis: invasive aspergillosis in bone marrow transplant patients.

Nosocomial infections

• "Onko-Kiss": Prospective surveillance on nosocomial infections in patients on the bone marrow transplant unit.

Infectious diseases in transplant patients

• "STCS” (Swiss Transplant Cohort Study): prospective study on post transplant complications in solid organ and bone marrow / stem cell transplant recipients including a prospective infection surveillance data base.

Transplantation virology

• BK virus, EBV, CMV: Currently, three areas of research are pursued: In the clinical arena, the definition of risk factors and intervention strategies are investigated. In the virological field, genotypic changes in the BK virus (BKV) genome are examined with respect to their functional consequences. In the immunological field, characterisation of the humoral and cellular immune response of renal transplant patients is examined as complementing surrogate marker which, together with the BKV viral load in plasma and urine may allow to predict progression and regression of polyomavirus-associated nephropathy. Similar approaches are taken regarding cytomegalovirus and Epstein-Barr-virus in renal, heart and stem cell transplant patients.

Eine Zusammenarbeit mit dem Schweizerischen Tropen- und Public Health-Institut (Swiss TPH) swisstph.ch.

In Zusammenarbeit mit Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern von Partnerorganisationen führen wir epidemiologische und klinische Forschung im Bereich chronischer Erkrankungen in verschiedenen Ländern in sub-Sahara Afrika durch. Der Schwerpunkt liegt auf HIV/AIDS und Tuberkulose. Zunehmend gewinnen in unserer Forschung jedoch auch nicht-infektiöse chronische Krankheiten wie Bluthochdruck, Diabetes und psychische Gesundheit an Bedeutung.

Unsere Projekte verbinden Forschung mit Verbesserung der klinischen Behandlung in den Partnerländern in Afrika und bieten jungen Fachpersonen in sub-Sahara Afrika und in der Schweiz Ausbildungs- und Karrieremöglichkeiten.

Research in the HIV field aims at reacting to new developments. We conduct studies regarding clinical-epidemiological questions such as immune recovery under therapy as well as prospective therapeutic trials. In addition, we aim at improving the safety and use of the antiretroviral therapy by studying drug-related toxicity and drug-interactions issues, and by defining the optimal time to start therapy. The HIV clinic of Basel is one of the Centers of the Swiss HIV Cohort Study and many studies are conducted within the frame of this observational, prospective, multi-center study.

• Description of clinical course with and without therapy (CD4-T cell course, projects regarding best choice of therapy for specific patient groups).
• Prospective phase II and III studies.
• Studies in the medico-social and economic field.
• Pathophysiological studies in collaboration with the Institute of Medical Microbiology Basel and other Swiss groups within the frame of the Swiss HIV Cohort Study.

Patient's readiness to start ART (READY Projekt)

• We study patient readiness to HIV treatment and aim at developing teaching tools to increase communication quality of health care providers.

Drug-drug interactions

• Potentially clinically relevant drug interactions have become a major issue in HIV therapy due to the ageing of the HIV-infected patients and increasing prevalence of co-medications. We aim at studying drug interactions that are challenging for HIV therapy.

Toxicity

• Adverse events to combination antiretroviral therapy are common reasons for treatment modification and poor adherence. We investigated predictors of treatment modification within the Swiss HIV Cohort Study. Although toxicity remains a frequent reason of treatment change, possibly due to the broad availability of alternative antiretroviral drugs, it does not alter treatment success. Close monitoring and management of side effects and drug-drug interactions are crucial for durability of cART.

Seit 1988 steht die Schweizerische HIV-Kohortenstudie im Dienste der Menschen mit HIV und Aids und hat in dieser Zeit über 19’000 Menschen begleitet. Sie ist einer optimalen Betreuung der Patientinnen und Patienten sowie einer exzellenten Forschungstätigkeit verpflichtet.

Weitere Informationen 

Bei Patientinnen und Patienten mit einer Immunschwäche, zum Bespiel im Alter, nach Organ- oder Stammzell-Transplantation oder bei HIV-Infektionen, führen Infektionen mit Viren, Bakterien und Pilzen häufig zu gefährlichen Komplikationen und manchmal auch zum Tod. Hierbei ist das Zusammenspiel von angeborener und erworbener Immunität aus dem Gleichgewicht geraten und die Kontrolle von Infektionserregern ungenügend.

Die Forschungsgruppe «Infection Biology» wird von Prof. Nina Khanna geleitet. Wir untersuchen die komplexe Wechselwirkung des Immunsystems auf unterschiedliche Krankheitserreger bei immunsupprimierten Patientinnen und Patienten.

Unser Hauptfokus:

1. Immunologische Kontrolle von Pilzinfektionen
2. Fremdkörper-assoziierte Infektionen
3. Entwicklung von Hilfsstoffen für die Verbesserung von Impfstoffen.

1.) Invasive Pilzinfektionen verursacht durch Aspergillus fumigatus und Candida albicans sind häufige infektiologische Komplikationen. Betroffen sind insbesondere Patienten mit schwerer, langdauernder Neutropenie und Lymphopenie infolge Leukämien, nach allogener Stammzelltransplantation sowie fortgeschrittener HIV-Infektion. Oftmals werden präemptive Therapien oder neuerdings auch prophylaktische Therapien eingesetzt. Der Einsatz dieser Therapiemodalitäten ist problematisch, da einerseits Durchbruchinfektionen und Infektionen durch resistente Erreger auftreten können. Weitere Probleme sind Nebenwirkungen, Medikamenteninteraktionen und die hohen Medikamentenkosten.

Unser Ziel ist es Risikopatienten für invasive Pilzinfektionen frühzeitig zu identifizieren und immuntherapeutische Strategien wie z.B. Vakzinierung oder adoptiven T-Zelltransfer zu entwickeln.

2.) Implantate wie z.B. orthopädische Prothesen werden in der Medizin wegen dem zunehmenden Alter der Bevölkerung immer häufiger eingesetzt. Bei zirka 1-2% der Implantate kommt es zu Infektionen nach der Operation. Fremdkörper-assoziierte Infektionen mit Staphylococcus aureus sind mit signifikanter Morbidität und hohen Kosten vergesellschaftet. Aufgrund der Bildung eines Biofilms sind solche Infektionen sehr schwierig zu behandeln. Unsere Forschungsgruppe untersucht deshalb in Zusammenarbeit mit verschiedenen Universitäten und Firmen neue Therapiestrategien wie beispielsweise neue antimikrobielle Substanzen und Oberflächen-Beschichtungen.

Unser Ziel ist die Charakterisierung neuer antimikrobieller Substanzen sowie deren Aktivität gegen Biofilme und deren Wirkmechanismus zu erläutern.

3.) Wie gut jemand auf eine Impfung anspricht, hängt von der Funktion des Immunsystems ab. Das angeborene Immunsystem ist sehr wichtig für den Aufbau einer erworbenen Immunantwort, welche durch die Produktion von zum Beispiel Antikörpern vor Viren und Bakterien schützt. Dieses Wechselspiel von angeborener und erworbener Immunität spielt bei „natürlichen“ Infektionen, aber auch bei der Impfung, eine wichtige Rolle. Genetische Mutationen im angeborenen Immunsystem können deshalb zu einer schlechteren oder besseren Wirksamkeit der Impfung führen.
Wir untersuchen, wie gewisse Botenstoffe des angeborenen Immunsystems die Impfreaktion beeinflussen. Unser Fokus liegt hierbei vor allem auf einer neu entdeckten Klasse von Interferonen – der Interferon lambda Familie. Interferon lambda hat einen starken Einfluss auf die Antikörper produzierenden B-Zellen und Plasmazellen.

Unser Ziel ist, den Einfluss von Interferon lambda und genetische Mutationen in den Inteferon lambda Genen bei unterschiedlichen Infektionen und Impfungen zu untersuchen. Dadurch sollen in Zukunft neuartige Hilfszusatzstoffe entwickelt werden.