Klinische Bakteriologie und Mykologie

Aus verschiedensten Untersuchungsmaterialen (Blut, Urin, Stuhl, Abstriche, Sekrete, Punktate und Gewebe) werden mikroskopisch und in Kultur bakterielle Infektionserreger nachgewiesen. Zum raschen Nachweis von Bakterien und Pilzen im Blut steht ein automatisiertes Blutkultursystem (Virtuo) und zwei MALDI-TOF Massenspektrometer zu Verfügung. Um dem Arzt und der Ärztin eine gezielte Antibiotikatherapie zu ermöglichen und die Resistenzsituation zu überwachen, testen wir die Empfindlichkeit der isolierten Erreger routinemässig auf bis zu 28 Antibiotika. Auf Anforderung kann die minimale Hemmkonzentration (MHK) von 40 antimikrobiellen Substanzen bestimmt werden.

Je nach Fragestellung bieten wir spezielle Kulturen für verschiedene anspruchsvolle Erreger respektive Erregergruppen an.

Detaillierte Angaben finden Sie in unserem Analyseverzeichnis. Bei Fragen wenden Sie sich bitte an die Fachverantwortliche Person.

Judith Heckendorn

Am Universitätsspital Basel weisen wir pro Jahr zirka 50 neue Infektionen mit Mycobacterium tuberculosis und 50 neue Infektionen mit atypischen, nicht-tuberkulösen Mykobakterien nach. Hierfür steht uns ein modernes Biosicherheitsstufe 3 Labor zur Verfügung.

Neben mikroskopischen und kulturellen Verfahren zur Identifikation bieten wir auch eine phänotypische Resistenztestung gegen INH, Rifampicin, Ethambutol, Pyrazinamid und Streptomycin an. Wir haben ausserdem auch die Möglichkeit mittels molekulardiagnostischen Verfahren (PCR und Gensonden) und Whole Genome Sequencing die Bakterien zu typisieren (akkreditiert) und Resistenzen gegen Antibiotika genotypisch zu bestimmen.

Detaillierte Angaben finden Sie in unserem Analysenverzeichnis. Bei Fragen wenden Sie sich bitte an die Fachverantwortliche Person.

Durch die hohe Anzahl von immunsupprimierten Patienten zum Beispiel nach allogener Stammzelltransplantation, haben wir eine grosse Erfahrung in der Pilzdiagnostik. Ebenfalls führen wir für dermatologische Fragestellungen eine breite moderne Dermatophyten Diagnostik durch. Neben mikroskopischen Verfahren verwenden wir auch Massenspektrometrie und moderne molekular diagnostische Verfahren zur Identifikation.

Bei Hefen und Schimmelpilzen haben wir ausgewählten antifungalen Substanzen die Möglichkeit zur Resistenzprüfung und Bestimmung der minimalen Hemmkonzentration.

Detaillierte Angaben finden Sie in unserem Analysenverzeichnis. Bei Fragen wenden Sie sich bitte an die Fachverantwortliche Person.

Für den Nachweis aus klinischen Proben stehen uns eine Reihe von Spezies-spezifischen PCRs zur Verfügung – insbesondere Aspergillus und Mucorales spezifische PCR Verfahren können bei der Diagnostik von immunsupprimierten Patienten wertvolle Hinweise liefern. Weitere Spezialitäten sind der Nachweise von Chlamydia trachomatis Serovar L1 bis L3 und L2b dem Erreger des Lymphogranulonum venereum.  Zur weiteren Identifikation von Pathogenen eigenen sich die eubakterielle PCR (Teile des 16S Genes) und die panfungale PCR (IST Region).

Neben dem Nachweis von spezifischen Erregern bieten wir auch den Nachweis von bakteriellen Toxinen an z.B. Diphtherie Toxin und von spezifischen Resistenzgenen z.B. Carbapenemasen. 

Als neuartiges Verfahren haben wir auch die Möglichkeit, Bakterien und Pilze mittels Whole Genome Sequencing in der Routine zu untersuchen. Hierbei können die Isolate typisiert und Resistenzmechanismen und Virulenzfaktoren genotypisch bestimmt werden.

Detaillierte Angaben finden Sie in unserem Analysenverzeichnis. Bei Fragen wenden Sie sich bitte an die Fachverantwortliche Person.

In Zusammenarbeit mit der Klinische Chemie (technische Durchführung) bieten wir täglich eine breite Palette von Antikörper- und Antigen-Nachweisen an. Für die Borrelien und Treponemen Diagnostik haben wir neben dem Antikörpernachweis auch die Möglichkeit zur Bestätigung mittels der Westernblot Methoden.

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Wir führen eine Reihe von wichtigen spitalhygienischen Untersuchungen durch für die Qualität und Patientensicherheit am Universitätsspital. Das Screening auf multiresistente Erreger wie MRSA, ESBL- und Carbapenemase produzierende Gram negative Bakterien, Vancomycin-resistenten Enterokokken oder Candida auris erfolgt gemäss neuster Erkenntnisse aus der Literatur und eigenen Untersuchungen. Ebenso bieten wir die Untersuchung von Luftkeimmessungen, Endoskopuntersuchungen und Kontrollen von Autoklaven an.

Zur Typisierung der Isolate stehen uns modernste Methoden zur Verfügung. C. difficile wird mittels Ribotypisierung analysiert und alle weiteren Bakterien erhalten eine Typisierung mittels Whole Genome Sequencing. Wir haben eine grosse epidemiologische Datenbank zur Verfügung zum Abgleich der Befunde im epidemiologischen Kontext.

Detaillierte Angaben finden Sie in unserem Analysenverzeichnis. Bei Fragen wenden Sie sich bitte an die Fachverantwortliche Person.

Die Sequenzierung des gesamten bakteriellen, fungalen oder viralen Genoms („whole genome sequencing“) erlaubt die hochauflösende Typisierung von Ausbrüchen in bisher nicht dagewesener Weise. Der Fachbereich Klinische Bakteriologie und Mykologie hat als erstes mikrobiologisches Labor der Schweiz diese Methodik 2016 in die Routinediagnostik innerhalb der ISO-Norm Akkreditierung (17025) eingeführt. Wir entwickeln hierfür stetig neue Methoden und erweitern unsere molekular-epidemiologische Datenbank mit zusätzlichen Pathogenen. Insbesondere die Typisierung von nosokomialen und Public-Health relevanten Ausbrüchen ist ein Schwerpunkt der Abteilung. In diesem Kontext kann auf eine grosse bereits sequenzierte Datenbank zurückgegriffen werden, was eine Einordnung in einen breiten epidemiologischen Kontext erlaubt.

Neben Routineanwendungen wie die Typisierung stehen auch die Entwicklung und Forschung im Vordergrund: Bioinformatische Analysepipelines erlauben die rasche Detektion von Antibiotikaresistenzen und Virulenzfaktoren. Ebenso entwickeln wir metagenomische Anwendungen.