Bactériologie et mycologie cliniques

Les agents infectieux bactériens sont détectés au microscope et en culture à partir des matériaux d'analyse les plus divers (sang, urine, selles, frottis, sécrétions, ponctions et tissus). Pour détecter rapidement les bactéries et les champignons dans le sang, nous disposons d'un système d'hémoculture automatisé (Virtuo) et de deux spectromètres de masse MALDI-TOF. Afin de permettre au médecin d'administrer une antibiothérapie ciblée et de surveiller la situation en matière de résistance, nous testons en routine la sensibilité des agents pathogènes isolés à jusqu'à 28 antibiotiques. Sur demande, la concentration minimale inhibitrice (CMI) de 40 substances antimicrobiennes peut être déterminée.

Selon la question posée, nous proposons des cultures spéciales pour différents agents pathogènes ou groupes d'agents pathogènes exigeants.

Vous trouverez des informations détaillées dans notre liste d'analyses. Si vous avez des questions, veuillez vous adresser à la personne responsable du domaine.

Judith Heckendorn

À l'Hôpital universitaire de Bâle, nous détectons chaque année environ 50 nouvelles infections à Mycobacterium tuberculosis et 50 nouvelles infections à des mycobactéries atypiques non tuberculeuses. Nous disposons pour cela d'un laboratoire moderne de niveau de biosécurité 3.

Outre les procédés microscopiques et culturels d'identification, nous proposons également un test phénotypique de résistance à l'INH, à la rifampicine, à l'éthambutol, au pyrazinamide et à la streptomycine. Nous avons en outre la possibilité de typer les bactéries (accréditées) et de déterminer la résistance aux antibiotiques par génotypage au moyen de procédés de diagnostic moléculaire (PCR et sondes génétiques) et de Whole Genome Sequencing.

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En raison du grand nombre de patients immunodéprimés, par exemple après une transplantation de cellules souches allogéniques, nous avons une grande expérience dans le diagnostic des champignons. Nous effectuons également un large diagnostic moderne des dermatophytes pour les questions dermatologiques. Outre les procédés microscopiques, nous utilisons également la spectrométrie de masse et des procédés modernes de diagnostic moléculaire pour l'identification.

Pour les levures et les moisissures, nous avons la possibilité de tester la résistance de certaines substances antifongiques et de déterminer la concentration minimale inhibitrice.

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Pour la détection à partir d'échantillons cliniques, nous disposons d'une série de PCR spécifiques aux espèces - les procédés PCR spécifiques à Aspergillus et Mucorales peuvent notamment fournir des indications précieuses pour le diagnostic des patients immunodéprimés. D'autres spécialités sont la détection de Chlamydia trachomatis sérovar L1 à L3 et L2b, l'agent pathogène du lymphogranulonum venereum. Pour une identification plus poussée des agents pathogènes, la PCR eubactérienne (parties du gène 16S) et la PCR panfongale (région IST) sont appropriées.

Outre la détection d'agents pathogènes spécifiques, nous proposons également la détection de toxines bactériennes, par ex. la toxine diphtérique, et de gènes de résistance spécifiques, par ex. les carbapénèmases.

En tant que nouveau procédé, nous avons également la possibilité d'examiner les bactéries et les champignons en routine grâce au Whole Genome Sequencing. Il est alors possible de typer les isolats et de déterminer les mécanismes de résistance et les facteurs de virulence par génotypage.

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En collaboration avec le service de chimie clinique (réalisation technique), nous proposons quotidiennement une large palette de détections d'anticorps et d'antigènes. Pour le diagnostic des borrélies et des tréponèmes, nous disposons, en plus de la détection des anticorps, de la possibilité de confirmation par les méthodes Westernblot.

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Nous réalisons une série d'examens d'hygiène hospitalière importants pour la qualité et la sécurité des patients à l'hôpital universitaire. Le dépistage des agents pathogènes multirésistants tels que le SARM, les bactéries à Gram négatif productrices de BLSE et de carbapénémases, les entérocoques résistants à la vancomycine ou le Candida auris est effectué conformément aux dernières connaissances issues de la littérature et de nos propres analyses. Nous proposons également des analyses de germes dans l'air, des examens endoscopiques et des contrôles d'autoclaves.

Nous disposons des méthodes les plus modernes pour le typage des isolats. C. difficile est analysé par ribotypage et toutes les autres bactéries font l'objet d'un typage par Whole Genome Sequencing. Nous disposons d'une grande base de données épidémiologiques pour comparer les résultats dans le contexte épidémiologique.

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Le séquençage de l'ensemble du génome bactérien, fongique ou viral ("whole genome sequencing") permet un typage haute résolution des épidémies d'une manière inédite. Le département de bactériologie et mycologie cliniques est le premier laboratoire de microbiologie de Suisse à avoir introduit cette méthodologie dans le diagnostic de routine en 2016, dans le cadre de la norme d'accréditation ISO (17025). Nous développons constamment de nouvelles méthodes à cet effet et élargissons notre base de données d'épidémiologie moléculaire avec des pathogènes supplémentaires. Le typage des épidémies nosocomiales et de santé publique est l'une des priorités du service. Dans ce contexte, il est possible de recourir à une grande base de données déjà séquencée, ce qui permet de la situer dans un large contexte épidémiologique.

Outre les applications de routine comme le typage, le développement et la recherche sont également au premier plan : des pipelines d'analyse bioinformatiques permettent de détecter rapidement les résistances aux antibiotiques et les facteurs de virulence. De même, nous développons des applications métagénomiques.